关于拆迁安置协议与商品房买卖合同中的约定不一致，如何认定？

首先明确之后的合同是否已经签订？
如果后合同未签订，则双方应当按照原来的安置补偿协议履行义务。
根据您说的情况，该补偿属于拆迁安置关系，但是您选择的是货币补偿，虽然就之后的商品房买卖进行了约定，但是货币补偿的约定和购买商品房的约定是两种法律关系，前者是补偿安置关系，后者是商品房买卖关系。
另外，如果合同已经签订，但是现在开发商还未取得预售许可证，则您现在就依法起诉，请求确认该合同无效，在确认之后则你们双方应当按照安置补偿协议的约定履行义务，对方违约则应当承担违约责任。

此类房屋买卖合同的问题不能完全按照《城市房地产管理法》第四十四条涉及到的预售许可的强制性规定办。
我们知道，按照法律规定，拆迁补偿的方式有二，其一是货币补偿，其二是产权调换，产权调换是按照货币补偿的金额与产权调换后的房屋的市场价格的金额进行差价结算的。
因此如果该房屋的买卖合同是基于拆迁补偿的原因签订的，法院不应当考虑按照《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十七、第三十八、。第三十九条的规定，并按照该法律第四十四条的规定确认合同无效。
本案的合同应当被确认为有效。
如果该合同有效，当事人可以依照合同的约定享有权利并承担义务。
至于商品房买卖合同与拆迁协议约定不一致时如何处理的问题，按照法律规定，后合同的效力优先于前合同